Zum Inhalt der Seite springen

SARS-CoV-2: Ein Computermodell macht mögliche Angriffspunkte von Virus und Virusmutanten sichtbar

01.06.2021 Pressemitteilung

Wirksame Medikamente gegen das neue Coronavirus werden immer noch dringend benötigt. Dies umso mehr, als das Aufkommen von Virusmutanten die Impfstoffe an ihre Grenzen bringen könnte. Andreas Dräger, Forschungsgruppenleiter im Exzellenzcluster „Kontrolle von Mikroorganismen zur Bekämpfung von Infektionen“ (CMFI) der Universität Tübingen und DZIF-Wissenschaftler, arbeitet seit mehr als einem Jahr an einem Computermodell, das Schwachstellen und damit mögliche Angriffspunkte des Virus erkennt. So identifizierte er bereits ein menschliches Enzym als möglichen Angriffspunkt. In seiner neuesten Studie bestätigt sich dieses Ergebnis und der Bioinformatiker macht neue Angriffspunkte sichtbar und zeigt, dass sie auch die momentan verbreiteten Mutanten betreffen.

 

“Even at the start of the year, we had already seen in our model that one human enzyme – guanylate kinase 1 – is essential for the replication of the virus,” Dr Andreas Dräger explains. If this kinase is switched off, the virus can no longer proliferate. “However, this process does not involve any damage to the cell, which is of great importance for a potential active substance,” Dräger adds. With a junior associate professorship of the German Center for Infection Research (DZIF) at the University of Tübingen, the bioinformatician works in computer-based systems biology. For this approach, Andreas Dräger, together with his team colleagues Alina Renz and Lina Widerspick, refined an integrated computer model working with the novel coronavirus SARS-CoV-2 and human alveolar macrophages. The latter is responsible for defence against foreign substances in the pulmonary alveoli.

A genome-scale metabolic model

The initial situation in the model is that the virus has invaded the host, in this case, a human alveolar macrophage, and has already reprogrammed it. The model now assumes that the virus wants to produce new virus particles and proliferate. To do this, the virus uses materials from the host and forces the host cells to form new virus components. “Once we understand the composition of the virus, we can run through different scenarios and see how the biochemical reactions in the host cells change during a viral infection.”

Model improved by advanced knowledge about the virus

In the current study, the research group was able to refine their computer model with new information about structural proteins and the SARS-CoV-2 fat metabolism and identify new potential attack points in the nucleotide and lipid metabolisms. In addition, they added information about the threatening virus mutants and analysed whether the already identified weaknesses also applied here. The result was the same for all tested mutants: If guanylate kinase (GK1) was switched off, the proliferation of the virus was stopped.    

 

The team around Andreas Dräger assumes that these findings will form an essential basis for developing inhibitors of the novel coronavirus. Both guanylate kinase 1 and some of the identified drug targets in the nucleotide and lipid metabolisms could respond to antiviral substances without harming humans. “Some inhibitors of the enzyme are already known and, together with our Hamburg-based collaboration partner Dr Bernhard Ellinger from the Fraunhofer IME ScreeningPort (IME), we now want to test already approved inhibitors for their effectiveness against the new coronavirus as soon as possible,” Andreas Dräger explains.   

Source: Press Release German Center for Infection Research (DZIF)

­

Publication:

Renz A, Widerspick L, Dräger A. Genome-Scale Metabolic Model of Infection with SARS-CoV-2 Mutants Confirms Guanylate Kinase as Robust Potential Antiviral Target. Genes 12: 796. (2021) doi: https://doi.org/10.3390/genes12060796.

Kontakt

Dr. Andreas Dräger
Universität Tübingen

Exzellenzcluster „Kontrolle von Mikroorganismen zur Bekämpfung von Infektionen“ (CMFI)
Institut für Biomedizinische Informatik (IBMI) Rechnerbasierte Systembiologie der Infektionen und antimikrobiell-resistenten Krankheitserreger

Tel: +49 70 71 29-70459
E-Mail: draeger@informatik.uni-tuebingen.de

 

Pressekontakt

Leon Kokkoliadis
Medien- und Öffentlichkeitsarbeit

Tel: +49 7071 29-74707
E-Mail: leon.kokkoliadis@uni-tuebingen.de

Ähnliche Artikel

Entschlüsselung neuer Genfunktionen im menschlichen Darmmikrobiom
26.03.2024 – 26.03.2024 Entschlüsselung neuer Genfunktionen im menschlichen Darmmikrobiom CMFI News
Volkswagen Stiftung fördert Projekt zur Umwandlung von Abfallstoffen in neue Biomaterialien
14.02.2024 Volkswagen Stiftung fördert Projekt zur Umwandlung von Abfallstoffen in neue Biomaterialien CMFI News
Auf der Spur verborgener Mitglieder in Mikrobengemeinschaften
05.02.2024 Auf der Spur verborgener Mitglieder in Mikrobengemeinschaften CMFI News
Cholera-Erreger machtlos gegen eigenes Immunsystem
19.01.2024 Cholera-Erreger machtlos gegen eigenes Immunsystem Pressemitteilung
Neuartiger antibiotischer Wirkstoff aus menschlicher Nase
18.12.2023 Neuartiger antibiotischer Wirkstoff aus menschlicher Nase Pressemitteilung
Unraveling the Impact of Xenobiotics on Gut Microbiota: A High-Throughput Approach under Anaerobic Conditions
13.12.2023 Unraveling the Impact of Xenobiotics on Gut Microbiota: A High-Throughput Approach under Anaerobic Conditions In den Medien

Nature - Behind the paper

"Mikrobiom – Schlüssel zur Gesundheit?"
08.12.2023 "Mikrobiom – Schlüssel zur Gesundheit?" In den Medien

Planet Wissen

The Frankenstein molecule: resurrecting an ancient antibiotic to create antibiotics of the future
30.11.2023 The Frankenstein molecule: resurrecting an ancient antibiotic to create antibiotics of the future In den Medien

Nature - Behind the paper

Ein Antibiotikum auf Zeitreise
30.11.2023 Ein Antibiotikum auf Zeitreise Pressemitteilung
Welche Rolle spielen Darmbakterien bei der Krebsimmuntherapie?
23.11.2023 Welche Rolle spielen Darmbakterien bei der Krebsimmuntherapie? Pressemitteilung
Andreas Peschel zu Gast im Podcast "Zeitfragen" von Deutschlandfunk Kultur
16.11.2023 Andreas Peschel zu Gast im Podcast "Zeitfragen" von Deutschlandfunk Kultur In den Medien

Deutschlandfunk Kultur

"Wie unsere Nase unsere Immunantwort beeinflusst"
04.11.2023 "Wie unsere Nase unsere Immunantwort beeinflusst" In den Medien

radioeins/RBB