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Prof. Dr. Nadine Ziemert

CMFI Vorstandsmitglied | Gleichstellungsbeauftragte

Kontakt

Universit├Ąt T├╝bingen
Interfakult├Ąres Institut f├╝r Mikrobiologie und Infektionsmedizin
Angewandte Naturstoffgenomik

nadine.ziemert@uni-tuebingen.de

Tel.: +49 7071 29-78841

 

Forschungsinteresse

Zu Nadine Ziemerts Forschungsinteresse geh├Âren die Evolution von Antibiotika sowie die Genomik ihrer Produzenten und die Entwicklung bioinformatischer Tools. In ihrer Forschungsgruppe ÔÇ×Translational Genome Mining for Natural ProductsÔÇť am Interfakult├Ąren Institut f├╝r Mikrobiologie und Infektionsmedizin der Universit├Ąt T├╝bingen befasst sie sich mit der Evolution und Verbreitung bakterieller Sekund├Ąrmetaboliten. Besonderes Interesse gilt hierbei Sekund├Ąrmetaboliten mit antibakteriellen Eigenschaften. Die in ihrer Forschungsgruppe entwickelten bioinformatischen Tools konnten zeigen, dass es innerhalb des Bakterienreichs noch unerforschte Gattungen mit einem hohen genomischen Potenzial zur Produktion spezialisierter Stoffwechselprodukte gibt und dass ein Gro├čteil dieses Potenzials in derzeit nicht kultivierbaren Bakterien liegt.

Die Arbeitsgruppe folgt dem Leitgedanken des Open Access und stellt ihre Daten, Protokolle und computergest├╝tzten Tools frei zur Verf├╝gung.

Tools Webseite Forschungsgruppe Ziemert

 

├ťber Nadine Ziemert

Nadine Ziemert studierte Biologie an der Humboldt-Universit├Ąt zu Berlin, wo sie 2009 promovierte. Im Anschluss war sie mehrere Jahre als Post-Doktorandin am Scripps Institut f├╝r Ozeanographie in Kalifornien. 2013-14 war sie dort zus├Ątzlich als Projektwissenschaftlerin t├Ątig. 2014 kehrte sie nach Deutschland zur├╝ck und nahm den Ruf auf die Professur f├╝r Translationale Naturstoffgenomik an der Universit├Ąt T├╝bingen an. Seit 2019 ist sie Vorstandsmitglied des CMFI und die Gleichstellungsbeauftragte des Clusters.

 

Ausgew├Ąhlte Publikationen

Sehnal L, Lo Presti L, Ziemert N. (2024) Discovering cryptic natural products by substrate manipulation. Nat Chem. doi: 10.1038/s41557-023-01433-5.

Hansen MH, Adamek M, Iftime D, Petras D, Schuseil F, Grond S, Stegmann E, Cryle MJ, Ziemert N. (2023) Resurrecting ancestral antibiotics: unveiling the origins of modern lipid II targeting glycopeptides. Nat Commun. 14(1):7842. doi: 10.1038/s41467-023-43451-4.

Mullowney MW, {...}, Ziemert N, Goss RJM, Guyomard P, Volkamer A, Gerwick WH, Kim HU, M├╝ller R, van Wezel GP, van Westen GJP, Hirsch AKH, Linington RG, Robinson SL, Medema MH. (2023) Artificial intelligence for natural product drug discovery. Nat Rev Drug Discov. 22:895ÔÇô916. doi: 10.1038/s41573-023-00774-7.

Yilmaz TM, Mungan MD, Berasategui A, Ziemert N. (2023) FunARTS, the Fungal bioActive compound Resistant Target Seeker, an exploration engine for target-directed genome mining in fungi. Nucleic Acids Res. gkad386. doi: 10.1093/nar/gkad386.

B├Ąr D, Konetschny B, Kulik A, Xu H, Paccagnella D, Beller P, Ziemert N, Dickschat JS, Gust B. (2022) Origin of the 3-methylglutaryl moiety in caprazamycin biosynthesis. Microb Cell Fact. 21(1): 232. doi: 10.1186/s12934-022-01955-6.

Mungan M, Harbig T, Perez Naybel, Edenhart  S, Stegmann E, Nieselt K, Ziemert N. (2022) Secondary Metabolite Transcriptomic Pipeline (SeMa-Trap), an expression-based exploration tool for increased secondary metabolite production in bacteria. NAR 50(W1): 682ÔÇô689. doi: 10.1093/nar/gkac371.

Berasategui A, Breitenbach N, Garc├şa-Lozano M, Pons I, Sailer B, Lanz C, Rodriguez V, Hipp K, Ziemert N, Windsor D, Salem H. (2022) The leaf beetle Chelymorpha alternans propagates a plant pathogen in exchange for pupal protection. Current Biology. 32(19): 4114ÔÇô4127. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.07.065.

Gavriilidou A, Kautsar SA, Zaburannyi N, Krug D, M├╝ller R, Medema MH, Ziemert N. (2022) Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes. Nat Microbiol. 7(5):726-735. doi: 10.1038/s41564-022-01110-2.

Chevrette MG, Gavrilidou A, Mantri S, Selem-Mojica N, Ziemert N, Barona-G├│mez F. The confluence of big data and evolutionary genome mining for the discovery of natural products. Nat. Prod. Rep. 38: 2024ÔÇô2040. (2021) doi: 10.1039/d1np00013f.

Mungan MD, Blin K, Ziemert N. ARTS-DB: a database for antibiotic resistant targets. Nucleic Acids Res. 50(D1): D736ÔÇôD740. (2021) doi: 10.1093/nar/gkab940

 

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