Prof. Dr. Nadine Ziemert
CMFI Vorstandsmitglied | Gleichstellungsbeauftragte
Kontakt
Universität Tübingen
Interfakultäres Institut für Mikrobiologie und Infektionsmedizin
Angewandte Naturstoffgenomik
nadine.ziemert
@uni-tuebingen.de
Tel.: +49 7071 29-78841
Forschungsinteresse
Zu Nadine Ziemerts Forschungsinteresse gehören die Evolution von Antibiotika sowie die Genomik ihrer Produzenten und die Entwicklung bioinformatischer Tools. In ihrer Forschungsgruppe „Translational Genome Mining for Natural Products“ am Interfakultären Institut für Mikrobiologie und Infektionsmedizin der Universität Tübingen befasst sie sich mit der Evolution und Verbreitung bakterieller Sekundärmetaboliten. Besonderes Interesse gilt hierbei Sekundärmetaboliten mit antibakteriellen Eigenschaften. Die in ihrer Forschungsgruppe entwickelten bioinformatischen Tools konnten zeigen, dass es innerhalb des Bakterienreichs noch unerforschte Gattungen mit einem hohen genomischen Potenzial zur Produktion spezialisierter Stoffwechselprodukte gibt und dass ein Großteil dieses Potenzials in derzeit nicht kultivierbaren Bakterien liegt.
Die Arbeitsgruppe folgt dem Leitgedanken des Open Access und stellt ihre Daten, Protokolle und computergestützten Tools frei zur Verfügung.
Tools Webseite Forschungsgruppe Ziemert
Über Nadine Ziemert
Nadine Ziemert studierte Biologie an der Humboldt-Universität zu Berlin, wo sie 2009 promovierte. Im Anschluss war sie mehrere Jahre als Post-Doktorandin am Scripps Institut für Ozeanographie in Kalifornien. 2013-14 war sie dort zusätzlich als Projektwissenschaftlerin tätig. 2014 kehrte sie nach Deutschland zurück und nahm den Ruf auf die Professur für Translationale Naturstoffgenomik an der Universität Tübingen an. Seit 2019 ist sie Vorstandsmitglied des CMFI und die Gleichstellungsbeauftragte des Clusters.
Ausgewählte Publikationen
Sehnal L, Lo Presti L, Ziemert N. (2024) Discovering cryptic natural products by substrate manipulation. Nat Chem. doi: 10.1038/s41557-023-01433-5.
Hansen MH, Adamek M, Iftime D, Petras D, Schuseil F, Grond S, Stegmann E, Cryle MJ, Ziemert N. (2023) Resurrecting ancestral antibiotics: unveiling the origins of modern lipid II targeting glycopeptides. Nat Commun. 14(1):7842. doi: 10.1038/s41467-023-43451-4.
Mullowney MW, {...}, Ziemert N, Goss RJM, Guyomard P, Volkamer A, Gerwick WH, Kim HU, Müller R, van Wezel GP, van Westen GJP, Hirsch AKH, Linington RG, Robinson SL, Medema MH. (2023) Artificial intelligence for natural product drug discovery. Nat Rev Drug Discov. 22:895–916. doi: 10.1038/s41573-023-00774-7.
Yilmaz TM, Mungan MD, Berasategui A, Ziemert N. (2023) FunARTS, the Fungal bioActive compound Resistant Target Seeker, an exploration engine for target-directed genome mining in fungi. Nucleic Acids Res. gkad386. doi: 10.1093/nar/gkad386.
Bär D, Konetschny B, Kulik A, Xu H, Paccagnella D, Beller P, Ziemert N, Dickschat JS, Gust B. (2022) Origin of the 3-methylglutaryl moiety in caprazamycin biosynthesis. Microb Cell Fact. 21(1): 232. doi: 10.1186/s12934-022-01955-6.
Mungan M, Harbig T, Perez Naybel, Edenhart S, Stegmann E, Nieselt K, Ziemert N. (2022) Secondary Metabolite Transcriptomic Pipeline (SeMa-Trap), an expression-based exploration tool for increased secondary metabolite production in bacteria. NAR 50(W1): 682–689. doi: 10.1093/nar/gkac371.
Berasategui A, Breitenbach N, García-Lozano M, Pons I, Sailer B, Lanz C, Rodriguez V, Hipp K, Ziemert N, Windsor D, Salem H. (2022) The leaf beetle Chelymorpha alternans propagates a plant pathogen in exchange for pupal protection. Current Biology. 32(19): 4114–4127. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.07.065.
Gavriilidou A, Kautsar SA, Zaburannyi N, Krug D, Müller R, Medema MH, Ziemert N. (2022) Compendium of specialized metabolite biosynthetic diversity encoded in bacterial genomes. Nat Microbiol. 7(5):726-735. doi: 10.1038/s41564-022-01110-2.
Chevrette MG, Gavrilidou A, Mantri S, Selem-Mojica N, Ziemert N, Barona-Gómez F. The confluence of big data and evolutionary genome mining for the discovery of natural products. Nat. Prod. Rep. 38: 2024–2040. (2021) doi: 10.1039/d1np00013f.
Mungan MD, Blin K, Ziemert N. ARTS-DB: a database for antibiotic resistant targets. Nucleic Acids Res. 50(D1): D736–D740. (2021) doi: 10.1093/nar/gkab940.
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